La France est le premier producteur européen de chanvre industriel. Des milliers d’hectares de variétés inscrites au catalogue officiel, cultivées pour la fibre et la graine, avec une teneur en THC plafonnée à 0,3 %. Et ces cultures rencontrent exactement les mêmes ennemis que les serres médicales canadiennes ou les exploitations sous licence portugaises : des champignons et des oomycètes qui attaquent les racines, les tiges et les inflorescences. La différence, c’est qu’il n’existe pratiquement aucun fongicide autorisé pour cet usage, et que les exigences sur les résidus sont strictes. D’où l’intérêt croissant pour des bactéries et des champignons capables d’en combattre d’autres.
Une revue publiée le 9 septembre 2026 dans l’International Journal of Molecular Sciences dresse le bilan de ce que cette approche a réellement produit. Elle est signée Tiziana M. Sirangelo, de l’ENEA, l’agence italienne pour les nouvelles technologies, l’énergie et le développement économique durable. Le travail est en accès libre : « Towards an Omics-Guided Framework for Microbial Biological Control of Fungal and Oomycete Diseases in Cannabis sativa« . Les recherches bibliographiques dans Scopus et PubMed ont été closes le 26 août 2026.
L’essentiel
Le contrôle biologique fonctionne sur le cannabis, mais dans des conditions étroites et rarement reproduites. Quelques souches de Bacillus, Pseudomonas et Trichoderma, ainsi que plusieurs produits commerciaux, ont réduit de façon significative les pourritures racinaires, l’oïdium et la pourriture grise lors d’essais contrôlés, et dans un cas les molécules responsables de la protection ont pu être identifiées précisément. Au-delà, les preuves s’amincissent vite : la plupart des études reposaient sur un seul isolat de l’agent pathogène, un seul génotype de plante et un seul environnement de culture, de sorte que personne ne peut garantir qu’une souche protégeant une variété en chambre de culture en protégera une autre en conditions réelles. La revue propose de combler cet écart par la génomique, le profilage du microbiome et la métabolomique — tout en affirmant sans détour que les données omiques ne démontrent rien à elles seules. Elle soulève enfin un point rarement discuté : le micro-organisme qui survit jusqu’à la récolte se retrouve ensuite dans le contrôle microbiologique du produit.
Trois régimes distincts, et un vide commun
En France, il faut d’emblée séparer ce que le débat public mélange volontiers. Le régime pharmaceutique concerne les médicaments à base de cannabinoïdes disposant d’une autorisation de mise sur le marché, évalués par l’ANSM. Le cannabis médical relève d’un cadre distinct, issu de l’expérimentation pilotée par l’ANSM et prolongé en attendant un régime pérenne. Le CBD grand public constitue un troisième ensemble, façonné par l’arrêt Kanavape de la Cour de justice de l’Union européenne (affaire C-663/18), l’arrêté du 30 décembre 2021 et son annulation partielle par le Conseil d’État le 29 décembre 2022. Ces trois régimes n’obéissent ni aux mêmes autorités ni aux mêmes règles, et confondre l’un avec l’autre est la première erreur d’analyse.
Le chanvre industriel, lui, est encore autre chose : une culture agricole ordinaire du point de vue du droit rural, avec des variétés autorisées et un plafond de THC. Mais ordinaire ne veut pas dire équipée. Les produits phytopharmaceutiques reçoivent en France une autorisation de mise sur le marché délivrée par l’ANSES pour des usages précisément définis — une culture, un ravageur, une dose. Le chanvre relève des usages dits mineurs, ceux pour lesquels les firmes déposent rarement des dossiers parce que la surface ne rentabilise pas la procédure. Résultat : un producteur confronté à une fusariose dispose de très peu d’options homologuées, et le catalogue officiel E-Phy est le seul endroit où vérifier ce qui est réellement autorisé.
La pression réglementaire ne faiblit pas par ailleurs. Le plan de contrôle Novel Food conduit par la DGAL s’applique depuis le 15 mai 2026, et le régime français des comestibles au CBD a connu une séparation nette entre ce qui peut être fumé et ce qui peut être mangé. L’exigence sur la qualité du produit fini monte plus vite que l’offre de solutions autorisées pour l’obtenir.
Les quatre agents responsables de l’essentiel des dégâts
La revue classe les agents pathogènes du cannabis selon leur comportement, et la distinction a des conséquences concrètes : un micro-organisme efficace contre l’un peut être inutile contre l’autre.
Les espèces de Fusarium s’attaquent aux racines, au collet et aux tissus vasculaires. Elles provoquent la fonte des semis en pépinière, le flétrissement en végétation et parfois la pourriture des inflorescences. Les responsables les plus cités appartiennent aux complexes d’espèces F. oxysporum et F. solani ; F. proliferatum est associé à la pourriture de la tige et à la nécrose de la moelle. Certaines espèces isolées sur cannabis produisent des mycotoxines — et le problème cesse alors d’être agronomique pour devenir sanitaire, ce qui concerne directement la filière graine.
Les espèces de Pythium — P. myriotylum, P. dissotocum, P. aphanidermatum — sont des oomycètes et non de véritables champignons. Elles prospèrent là où les racines restent gorgées d’eau, ce qui fait de l’hydroponie et de la serre leur terrain de prédilection.
L’oïdium, principalement causé par Golovinomyces ambrosiae, est un biotrophe obligatoire : il ne survit pas sans tissu végétal vivant, car il se nourrit par des haustoriums qui pénètrent les cellules vivantes de l’épiderme. D’où une contrainte gênante pour la recherche : impossible de tester une souche candidate contre lui en boîte de Petri, l’agent n’y pousse tout simplement pas.
Botrytis cinerea, la pourriture grise, fonctionne à l’inverse : c’est un nécrotrophe qui tue le tissu et se nourrit des restes. Son moment est la floraison, quand une inflorescence compacte emprisonne de l’air humide. L’architecture du couvert entre donc dans l’équation de la maladie : l’étude montrant qu’une densité de plantation plus élevée augmente le rendement de 160 % a des conséquences directes sur le volume d’air humide stagnant sous le couvert. À l’échelle du local, les 113 000 mesures relevées dans une salle de floraison montrent l’ampleur des variations de température et d’humidité dans une installation en fonctionnement.
Derrière ces quatre-là viennent Rhizoctonia solani, les espèces de Sclerotinia, Sclerotium rolfsii et Neofusicoccum parvum : moins étudiés, et sans aucune réponse biologique validée.
Comment un micro-organisme utile en combat un nuisible
La revue distingue deux mécanismes, et la différence compte.
Le premier est l’antagonisme direct. Le micro-organisme bénéfique occupe physiquement l’espace et consomme les nutriments dont l’agent pathogène aurait besoin, produit des composés antifongiques ou l’attaque frontalement. Les souches de Bacillus fabriquent des lipopeptides — surfactines, iturines, fengycines — qui déstabilisent les membranes fongiques. Celles de Pseudomonas produisent des phénazines, de la pyrrolnitrine, de la pyolutéorine et du 2,4-diacétylphloroglucinol. Les antagonistes fongiques comme Trichoderma vont plus loin et parasitent leur cible : ils s’enroulent autour des hyphes et les dissolvent au moyen de chitinases et de glucanases.
Sur le cannabis, il existe une démonstration nette. Chez Pseudomonas protegens Pf-5, les chercheurs ont supprimé les gènes nécessaires à la synthèse de la pyolutéorine et du 2,4-diacétylphloroglucinol, les ont ensuite restaurés, et ont mesuré l’effet sur la pourriture grise des feuilles. Les deux composés se sont révélés être les principaux vecteurs de la protection contre Botrytis cinerea. Ce n’est plus une corrélation, mais une causalité, établie en retirant la cause supposée et en observant l’effet s’affaiblir.
Le second mécanisme passe par la plante elle-même. Ici, le micro-organisme ne touche jamais l’agent pathogène. Il est appliqué aux racines, le système immunitaire végétal le détecte, et les défenses réagissent plus vite ou plus fort lorsque l’attaque survient. On parle de priming. L’idée est séduisante et les preuves sur le cannabis sont, en toute honnêteté, faibles. Lorsque des souches de Pseudomonas et de Bacillus ont été appliquées aux racines puis les feuilles infectées par B. cinerea, ni réduction systémique de la maladie ni activation des gènes de défense n’ont été détectées de façon reproductible. Ce qui subsiste de ce travail, ce sont cinq marqueurs de défense — ERF1, HEL, PAL, PR1 et PR2 — fortement et durablement activés au niveau des sites d’infection.
Ce qui a effectivement fonctionné
Sans emballage promotionnel, le bilan est le suivant.
Contre Fusarium oxysporum (fonte des semis) et Pythium myriotylum (pourriture des racines et du collet), plusieurs produits microbiens commerciaux ont réduit significativement la sévérité, à condition d’être appliqués avant l’arrivée de l’agent : Lalstop, RootShield, Asperello et Stargus ont diminué les dégâts dus à F. oxysporum, et contre P. myriotylum les plus efficaces ont été RootShield et Lalstop.
Contre l’oïdium, des applications foliaires répétées de Rhapsody ASO (Bacillus subtilis QST 713) et de Stargus (B. amyloliquefaciens F727) ont réduit la maladie de manière constante sur une variété sensible, tandis qu’Actinovate, à base de Streptomyces lydicus WYEC 108, a donné des résultats plus faibles et plus variables. La même étude relevait des écarts notables entre génotypes de cannabis, indice que le choix variétal pèse peut-être davantage que le traitement.
Contre la pourriture grise, plusieurs souches de Bacillus et de Pseudomonas ont inhibé l’agent en laboratoire et réduit les lésions foliaires. Trichoderma asperellum, appliqué 48 heures avant l’inoculation sur des inflorescences détachées, a lui aussi réduit le développement de la maladie — avec la réserve exposée ci-dessous.
Le point commun de tous ces résultats : chambre de culture, serre, tissu détaché, un isolat unique. Les données issues d’un cycle de production complet sont pratiquement inexistantes.
Le compromis gênant : l’antagoniste reste sur la récolte
Un agent censé protéger des inflorescences doit y survivre. La persistance est la qualité recherchée. Mais les cellules et les spores viables qui atteignent la récolte se retrouvent dans le produit.
Ce n’est pas théorique. Lorsque Trichoderma asperellum a réduit la pourriture sur des inflorescences détachées, on a observé simultanément une croissance abondante et une sporulation de l’antagoniste lui-même sur le tissu traité. Pour situer l’ordre de grandeur, la Pharmacopée européenne fixe pour les préparations non stériles destinées à l’inhalation un dénombrement total des micro-organismes aérobies de 10² UFC/g et un dénombrement total des levures et moisissures de 10¹ UFC/g — soit des maxima de 200 et 20 UFC/g.
La chimie de la plante est également concernée. Dans une étude, des inoculants microbiens ont modifié les teneurs en CBDVA, CBDV, CBG, CBD et CBGA chez cinq variétés, le sens de l’effet dépendant de la variété. Pour un produit standardisé, un écart non prévu du profil cannabinoïde est un manquement aux spécifications, quelle que soit l’apparence de la plante. La recommandation de la revue est ferme : charge microbienne à la récolte et profil cannabinoïde doivent servir de critères d’exclusion dès le premier essai sur plante, et non de contrôle qualité final. La logique vaut pour tout ce qui peut se retrouver dans la fleur : des inflorescences d’apparence irréprochable ont dépassé de 38 fois la limite de l’OMS pour les métaux lourds, et les marchés dits légaux connaissent leurs propres problèmes de contamination invisibles sur l’étiquette.
Ce que les omiques apportent, et ce qu’elles n’apportent pas
Le dispositif proposé progresse par étapes : caractériser la génétique de la plante hôte, comparer le microbiome de plantes saines et malades, en déduire quels micro-organismes tenter de cultiver, séquencer les isolats obtenus, les cribler à la recherche de gènes de virulence et de toxines avant tout contact avec une plante, séquencer les agents pathogènes pour constituer un panel représentatif, et seulement ensuite passer aux essais sur plante, sur plusieurs génotypes et plusieurs isolats.
Les ressources existent déjà. Le pangénome du cannabis rassemble 181 assemblages nouveaux et 12 génomes publiés antérieurement, à partir de 144 échantillons biologiques. Le premier génome de Golovinomyces ambrosiae atteint 155,2 Mb, avec 6 995 modèles géniques de haute confiance et 169 effecteurs candidats prédits. L’analyse génomique de trois souches de Bacillus utilisées dans des travaux sur le cannabis a mis en évidence 18 groupes de gènes biosynthétiques d’intérêt potentiel pour le biocontrôle.
La revue est rigoureuse sur la portée de ces éléments. Détecter un groupe de gènes indique une capacité génétique, non une activité. L’absence de gènes de virulence connus ne prouve pas l’innocuité. Et rien n’établit aujourd’hui que les démarches guidées par les omiques soient plus rapides ou moins coûteuses que le criblage classique sur cannabis — seulement que la sélection devient traçable. Les omiques complètent la pathologie végétale, elles ne la remplacent pas.
Quel poids accorder à ce travail
Il s’agit d’une revue narrative rédigée par une seule autrice, et non d’une revue systématique ni d’une méta-analyse. Aucune donnée expérimentale nouvelle n’a été produite. La littérature provient de deux bases de données, avec priorité aux études spécifiques au cannabis, et l’autrice précise explicitement que le dispositif proposé constitue une feuille de route prospective : la séquence complète n’a jamais été exécutée sur cannabis. Les communautés microbiennes synthétiques évoquées dans les derniers chapitres sont extrapolées d’autres cultures ; pour aucun des pathosystèmes du cannabis examinés, un consortium suppresseur de maladie n’a été validé à ce jour.
Il convient donc de lire ce texte comme une cartographie des lacunes plutôt que comme un manuel. À ce titre, il est utile : il nomme les manques avec assez de précision pour que quelqu’un puisse entreprendre de les combler.
Questions fréquentes
Un produit phytopharmaceutique ne peut être utilisé que s’il dispose d’une autorisation de mise sur le marché délivrée par l’ANSES pour l’usage concerné, c’est-à-dire pour une culture et une cible identifiées. Le chanvre relevant des usages mineurs, les autorisations y sont rares. Certains produits de biocontrôle figurent sur une liste spécifique prévue par le code rural et bénéficient de modalités particulières, mais cela ne dispense d’aucune autorisation. Les produits cités dans les études évoquées ici sont homologués en Amérique du Nord, ce qui n’emporte aucun effet juridique en France. La seule source fiable est le catalogue officiel E-Phy, à consulter avant toute application.
Au vu des données actuelles, pas de manière constante. Plusieurs produits ont réduit significativement la sévérité lors d’essais contrôlés, mais la réduction était partielle et supposait une application préventive, avant l’installation de l’agent pathogène. Ils s’inscrivent comme un élément d’un ensemble — hygiène, matériel de multiplication sain, maîtrise de l’hygrométrie, ventilation — et non comme un substitut au reste.
Stimuler la croissance et supprimer une maladie sont deux choses distinctes. Un produit qui améliore l’enracinement ou la biomasse peut n’avoir aucun effet sur l’agent pathogène, et la revue traite la stimulation de croissance comme un bénéfice complémentaire, non comme une preuve de biocontrôle. Les préparations disposant d’essais documentés contre l’agent visé relèvent d’une autre catégorie.
Comme premier filtre, cela peut servir. Mais l’inhibition en laboratoire prédit mal ce qui se produit sur la plante, où le micro-organisme doit encore coloniser le tissu, s’y maintenir, résister à la microflore résidente et fonctionner à l’humidité et à la température réelles. Avec l’oïdium, c’est même impossible, l’agent ne croissant que sur tissu vivant. La revue exige donc que les candidats progressent sur la base d’une suppression reproductible de la maladie sur plante, et non de résultats en boîte.
Mentions légales
Cet article est publié à des fins exclusivement informatives et de vulgarisation scientifique. Il ne constitue ni un conseil agronomique, ni un conseil juridique, ni un avis médical, et ne saurait être interprété comme présentant sous un jour favorable l’usage de stupéfiants, ce que prohibe l’article L3421-4 du code de la santé publique. En France, seule la culture du chanvre industriel est autorisée, à partir de variétés inscrites au catalogue officiel et dans la limite réglementaire de teneur en THC ; la culture de cannabis à d’autres fins demeure pénalement réprimée. Les médicaments à base de cannabinoïdes disposant d’une autorisation de mise sur le marché, le cadre du cannabis médical piloté par l’ANSM et le régime des produits au CBD relèvent de trois ensembles juridiques distincts, qu’il convient de ne pas confondre. L’emploi de tout produit phytopharmaceutique n’est licite que dans les conditions de l’autorisation de mise sur le marché délivrée par l’ANSES pour l’usage considéré. Les seuils de résidus, les spécifications microbiologiques et les cadres réglementaires évoluent fréquemment et doivent être vérifiés auprès des autorités compétentes. Les études décrites sont des résultats de recherche obtenus en conditions expérimentales et non des recommandations d’emploi.
